Das Fluxgate Magnetometer betseht aus zwei identischen ferromagnetischen Kernen mit je einer Spule aus Kupferdraht (primary windings). Diese Windungen sind entgegengesetzt gepolt, in Reihe geschalten und werden von Wechselstrom durchflossen, der die Kerne saturiert. Eine sekundäre Spule umgibt beide Kerne, in der kein Strom induziert wird wenn kein äußeres Magnetfeld anliegt. Befindet sich jedoch das System in einem Magnetfeld, wird in der Sekundärspule Strom induziert. Dieser ist proportional zum magnetischen Fluss in Längsrichtung der Kerne. Ein Fluxgate Magnetometer hat üblicherweise drei dieser Anordnungen, die orthogonal zueinander stehen und so die drei Komponenten des Magnetfeldes zu sensieren.

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