Muttergestein ist in der Lagerstättenkunde bzw. im Bergbau das Gestein, in dem sich ein Rohstoff gebildet hat.

Ist dort die Konzentration für eine Gewinnung ausreichend, spricht man von einer Primärlagerstätte.

Häufig wandern rohstoffhaltige Minerale aus dem Muttergestein durch die verschiedensten Prozesse aus (Erdgasmigration, Erosion) und reichern sich an anderer Stelle in sog. Sekundärlagerstätten wieder an. Bei Erzen (wie Gold) oder Diamanten werden diese Sekundärlagerstätten oft Seifen genannt. Bei Erdöl und Erdgas spricht man von Fallenlagerstätten.

Insbersondere im Erdgasbergbau spricht man bei den Lagerstätten im Muttergestein (Tonsteinen, Kohleflözen) oft unschön auch von 'unkonventionellen Lagerstätten'.

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