Grundgebirgsstörungen sind geologische Störungen im Grundgebirge (Basement), die schon vor der Entstehung der Sedimentüberdeckung existiert haben.
Werden sie später erneut aktiviert, können sie sich in die Sedimente hinein fortsetzen. Häufig ist jedoch das Störungsinventar im Grundgebirge von dem in den Sedimenten zu unterscheiden (Stockwerkstektonik).
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